"Silence" චිත්රපටයේ කතා වස්තුව 17 වන සියවසේ දී සකස් කර ඇති අතර, පෘතුගීසි ජේසු නිකායික පූජකවරුන් දෙදෙනෙකු වන පියතුමා සෙබස්තියන් රොඩ්රිගස් (ඇන්ඩෲ ගාෆීල්ඩ්) සහ පියතුමා ෆ්රැන්සිස්කෝ ගරුපේ (ඇඩම් ඩ්රයිවර්) ජපානයට ගමන් කරයි. ඔහුගේ ඉලක්කය වන්නේ ජපානයේ ක්රිස්තියානි ධර්මයට එල්ල වන හිංසා පීඩා වැඩි වීම නිසා අතුරුදහන් වූ ඔහුගේ උපදේශකයා වන පියතුමා ක්රිස්ටෝවාඕ ෆෙරේරා (ලියම් නීසන්) සොයා ගැනීමයි.
ජපානයේ ක්රිස්තියානි ආගම තහනම් කර ඇති අතර පාලකයින් ක්රිස්තියානීන් අල්ලාගෙන වධ හිංසා පමුණුවයි. චිත්රපටයේ ආරම්භයේදී, දේවගැතිවරුන් දෙදෙනාට තම උපදේශකයා තම ඇදහිල්ල අත්හැරීම ගැන අසන්නට ලැබේ. මෙය ඇසූ රොඩ්රිගස් සහ ගරුපේ තම ස්වාමියා පිළිබඳ සත්යය ඉගෙන ගැනීමට වැඩි වැඩියෙන් උනන්දු වී ජපානය බලා පිටත් වෙති.
ජපානයට පැමිණි පසු, ඔවුන් කුඩා ගමකට පැමිණෙන අතර, එහිදී ඔවුන්ට සැඟවී සිටින කිතුනුවන් හමුවෙයි. මේ අය තම ඇදහිල්ල සඟවාගෙන තම ජීවිත බේරා ගැනීමට අරගල කරති. පූජකවරු ඔවුන්ට ආගමික අධ්යාපනය ලබා දී ඔවුන්ගේ ඇදහිල්ල ශක්තිමත් කිරීමට උත්සාහ කරති. නමුත් කතාව ඉදිරියට යත්ම, ජපානයේ ක්රිස්තියානි ධර්මය දේශනා කිරීම කොතරම් භයානකද යන්න ඔවුන්ට වැටහෙනවා.