“Teenage Mutant Ninja Turtles: Out of the Shadows” චිත්‍රපටයේ කතා වස්තුව නිව් යෝර්ක් නගරය වටා ගෙතී ඇති අතර, එහිදී ලියනාඩෝ, ඩොනෙටෙලෝ, රෆායෙල් සහ මයිකල්ඇන්ජලෝ යන කැස්බෑ සහෝදරයන් හතර දෙනා ඔවුන්ගේ අනන්‍යතාවයන් සඟවාගෙන අපරාධවලට එරෙහිව සටන් කරති. පළමු කොටසේදී ෂේඩර් පරාජය කිරීමෙන් පසුව, ඔවුන් තවමත් අඳුරේ වැඩ කරමින් සිටින අතර, වර්න් ෆෙන්වික් (විල් ආර්නට්) ඔවුන්ගේ ක්‍රියාවන්ට ගෞරවය හිමි වේ.
කතාව ආරම්භ වන්නේ අප්‍රේල් ඕ’නීල් (මේගන් ෆොක්ස්) ආචාර්ය බැක්ස්ටර් ස්ටොක්මන් (ටයිලර් පෙරී) ෂේඩර් (බ්‍රයන් ටී) සිරගෙයින් පැන යාමට උදව් කරන බව සොයා ගන්නා විටය. ස්ටොක්මන් යනු ෂේඩර්ව වෙනත් මානයකට ගෙන යන විද්‍යාඥයෙකි, එහිදී ඔහුට ක්‍රැන්ග් (බ්‍රැඩ් ගැරට්) හමුවෙයි. ක්‍රැන්ග් යනු පෘථිවිය ආක්‍රමණය කිරීමට සැලසුම් කරන පිටසක්වල යුධ නායකයෙකි. ඔහු ෂේඩර්ට විශේෂ විකෘති සංයෝගයක් ලබා දෙන අතර, එමඟින් ෂේඩර්ට ඔහුගේ නව සගයන් දෙදෙනා වන බෙබොප් (ගැරී ඇන්තනි විලියම්ස්) සහ රොක්ස්ටි (ස්ටීවන් “ෂියාමස්” ෆැරෙලි) බලවත් මෘගයන් බවට පරිවර්තනය කිරීමට ඉඩ සලසයි.
කැස්බෑවන් චිත්‍රපටයේ තීරණාත්මක තීරණයකට මුහුණ දී සිටිති: නිදහසේ සටන් කිරීමට හැකි වන පරිදි ඔවුන් විකෘතිකාරකය භාවිතා කර මිනිසුන් බවට පත්විය යුතුද? ලියනාඩෝ මෙම අදහසට විරුද්ධ වන අතර, රෆායෙල් සහ මයිකල්ඇන්ජලෝ එය වැළඳ ගැනීමට උනන්දු වෙති. ඔවුන් අදහස ගැන විවාද කරන විට, කැස්බෑවන් අතර ආතතීන් වර්ධනය වන අතර, ඔවුන්ගේ සහෝදරත්වයට අභියෝග කරයි.