“කේස් 39” චිත්‍රපටය මනෝවිද්‍යාත්මක ත්‍රාසජනක ත්‍රාසජනක චිත්‍රපටයක් වන අතර එහි ප්‍රධාන චරිතය රෙනී සෙල්වෙගර් විසින් නිරූපණය කරයි. කතාව දරුවන්ගේ සුභසාධනය සඳහා කැප වූ සමාජ සේවිකාවක් වන එමිලි ජෙන්කින්ස් (රෙනී සෙල්වෙගර්) වටා ගෙතී ඇත.
කතාව ආරම්භ වන්නේ එමිලිට අවුරුදු 10 ක ගැහැණු ළමයෙකු වන ලිලිත් සුලිවන් (ජෝඩෙල් ෆර්න්ලන්ඩ්) ගේ නඩුව පැවරීමත් සමඟ ය. ලිලිත්ගේ දෙමාපියන් ඇයට අතිශයින් කුරිරු වන අතර, ඔවුන් ඇයව මරා දැමීමට උත්සාහ කරන බවට එමිලි සැක කරයි. එක් රාත්‍රියක, ලිලිත්ගේ දෙමාපියන් ඇයව ගෑස් කුටියක දැමීමට උත්සාහ කරන විට, එමිලි ඇයව බේරා ගැනීමට නියමිත වේලාවට පැමිණේ.
ලිලිත්ව බේරා ගැනීමෙන් පසු, එමිලි ඇයව නිවසට ගෙන එන්නේ ඇය ඇයව ආරක්ෂිතව තබා හොඳ හදා වඩා ගත් පවුලක් සොයනු ඇතැයි සිතමිනි. නමුත් කතාව ඉදිරියට යත්ම, ලිලිත්ගේ අහිංසකත්වය මුහුණතක් පමණක් බව එමිලි තේරුම් ගනී. ලිලිත්ට අමුතු හා බිය උපදවන බලයන් ඇති අතර එය සෙමෙන් එමිලිට සහ ඇය වටා සිටින අයට තර්ජනයක් වේ.