“G.I. Joe: The Rise of Cobra” චිත්‍රපටය ක්‍රියාදාම-ත්‍රාසජනක චිත්‍රපටයක් වන අතර එය G.I. Joe නම් විශේෂ හමුදා ඒකකයක් පිළිබඳ කතාව කියයි. කතාව නුදුරු අනාගතයේ දී කෝබ්රා නම් භයානක ත්‍රස්තවාදී සංවිධානය ලෝකය පාලනය කිරීමට උත්සාහ කරන ස්ථානයක සකසා ඇත.
කතාව ආරම්භ වන්නේ ඇමරිකානු සොල්දාදුවන් දෙදෙනෙකු වන කැප්ටන් ඩියුක් හවුසර් (චැනින් ටැටම්) සහ ඔහුගේ සහකරු රිප්කෝඩ් (මාලන් වයන්ස්) විශේෂ යුද ද්‍රව්‍යයක් ප්‍රවාහනය කිරීම සඳහා කසකස්තානයට යවන විට ය. මෙම ද්‍රව්‍ය ජේම්ස් මැකලන් (ක්‍රිස්ටෝපර් එක්ලස්ටන්) සතු MARS නම් ආයුධ නිෂ්පාදකයෙකු විසින් නිෂ්පාදනය කරනු ලැබේ. ඔවුන්ගේ රථ පෙළ ප්‍රහාරයකට ගොදුරු වූ විට, ඔවුන් G.I. Joe හි රහසිගත ජාත්‍යන්තර විශේෂ බලකා ඒකකයක් විසින් බේරා ගනු ලැබේ.
G.I. Joe හි නායක ජෙනරාල් හෝක් (ඩෙනිස් ක්වායිඩ්), ඩියුක් සහ රිප්කෝඩ් තම කණ්ඩායමට ඇතුළත් කිරීමට තීරණය කරයි. මේ අතර, මැකලන් කෝබ්රා වෙනුවෙන් වැඩ කරන අතර ඔහුගේ නැනෝමයිට් යුධ හිස් ලබා ගැනීමට සැලසුම් කරයි. නැනෝමයිට් යනු ඕනෑම අජීවී ද්‍රව්‍යයක් විනාශ කළ හැකි තාක්ෂණයකි.